По пути Черский встретил такого же ссыльного участника польского восстания, кандидата естественных наук Александра Чекановского, который увлек его собиранием гербариев и окаменелостей. Однако служба солдата оставляла мало свободного времени для научных занятий. Поэтому Черскому приходилось тайком изучать книги начальства, занимаясь самообразованием.
В Омске ссыльному революционеру довелось познакомиться с выдающимся путешественником, этнографом и общественным деятелем Григорием Николаевичем Потаниным. Исследователь, только что вернувшийся из экспедиции в Среднюю Азию, служил тогда при генерал-губернаторе. Услышав о солдате, знавшем несколько языков, он пригласил его к себе в гости. Черского поразили эрудиция и обаяние его нового знакомого, говорившего о дальних краях, неведомых уголках Сибири и служении науке. Именно под влиянием Потанина он стал уделять больше внимания изучению геологии, зоологии и географии. Ему удалось выкроить дополнительное время для самообразования после того, как его перевели санитаром в офицерское собрание.
В 1869 году по болезни сердца Черский был уволен с военной службы без права возвращения на родину. После этого начал преподавать языки и танцы в Омске. Казалось, его теперь ждала жизнь провинциального учителя.
